Aunque este tratamiento no presente, por lo general, grandes contraindicaciones, se deben tener en cuenta algunas de ellas. Por ejemplo, el blanqueamiento no está aconsejado en personas que presenten determinadas situaciones: mujeres embarazadas o en periodo de lactancia, menores de 18 años, enfermedades periodontales, caries, fisuras, uso de medicamentos para combatir la falta de hierro, etc.
Cuando se presente alguna contraindicación, ésta se deberá valorar para determinar si se debe posponer el blanqueamiento –menores de edad y mujeres embarazadas o en periodo de lactancia, si se debe realizar algún tratamiento de saneamiento previo –enfermedades periodontales, caries…- o si se debe buscar una solución alternativa.